La peste nera, che già imperversava in tutta l’Europa dal 1347, tornò a bussare alle porte di Oristano: l’Ospedale di San Lazzaro si riempì nuovamente d’ammalati, e le campane a morto pareva non smettessero mai di suonare. Fu così che anche Mariano, il grande Giudice che gli aragonesi non riuscivano a battere in battaglia, morì nel 1376 sconfitto da questa più potente nemica.
Suo figlio preso il nome di Ugone III, continuò a sostenere con decisione la guerra contro gli aragonesi facendosi chiamare Segnore de Sardinia.
Eleonora, che intanto si era sposata con Brancaleone Doria, discendente di una nobile famiglia ligure, era andata a vivere nel castello dei Doria a Castelgenovese (l’attuale Castelsardo) ed aveva messo al mondo due bambini: Federico e Mariano.
Ma nel 1383 Eleonora deve tornare precipitosamente nel suo regno perché durante una rivolta nobiliare, forse istigata dagli aragonesi, suo fratello Ugone e la sua unica figlia Benedetta muoiono assassinati.
Il giudicato è in preda al caos. Eleonora, puniti i responsabili della congiura, va percorrendo tutto il territorio insieme al suo primogenito Federico promettendo di lottare sino alla vittoria per la libertà del Giudicato; con fermezza e passione annuncia un governo più giusto, conquista la fiducia dei suoi sudditi e riunisce ancora una volta tutto il popolo sotto le insegne dell’albero diradicato.
Federico, erede al trono d’Arborea, ancora bambino viene dunque eletto Giudice dai majorales riuniti nella Corona de Logu, ed Eleonora viene nominata reggente del Giudicato fino alla sua maggiore età.
Comincia così il governo di Eleonora Giudicessa d’Arborea.
Suo marito Brancaleone, che intanto si era recato alla corte aragonese, viene arrestato, mentre la Giudicessa riceve un messaggio: se vuole la liberazione del marito, deve consegnare al re d’Aragona il piccolo Federico; Eleonora risponde fermamente che, benché disposta a trattare in ogni modo, non intende consegnare il bambino.
Brancaleone viene dunque trasferito a Cagliari, nella torre di San Pancrazio. Eleonora tenta allora di organizzare un piano di fuga che purtroppo fallisce, e per ottenere la sua liberazione dovrà attendere ben sette anni. La lunga trattativa si conclude con il pagamento di una forte somma di denaro e con la perdita di molte delle terre fino ad allora conquistate.
Con il ritorno di Brancaleone ricominciò la guerra, una guerra che sarà lunga e sanguinosa, ma che non impedirà ad Eleonora di continuare a studiare le leggi giuste per migliorare le condizioni di vita del suo popolo.